Fritz Bauer war wohl der profilierteste Staatsanwalt, den die Bundesrepublik je hatte. Er sah sich als »Jurist aus Freiheitssinn« und war überzeugt, dass der Bürger ein Widerstandsrecht gegen Willkürakte des Staates hat. Hierfür stritt er als niedersächsischer Generalstaatsanwalt 1952/53 in einem aufsehenerregenden Prozess, in dem es um die Legitimität des 20. Juli 1944 ging und in dessen Verlauf Bauer die Rehabilitierung der hingerichteten Verschwörer erreichte. In diesem Prozess wurde erstmalig in Deutschland der NS-Staat von einem Gericht zum Unrechtstaat erklärt.
Mit derselben Zielgerichtetheit hat er die Aufhellung und Ahndung der NS-Verbrechen in Gang gesetzt. Als hessischer Generalstaatsanwalt (1956–1968) war er der maßgebliche Initiator der Frankfurter Auschwitzprozesse.
Eine wichtige Rolle spielte Bauer auch bei der Ergreifung Adolf Eichmanns, indem er den Aufenthaltsort des »Buchhalters der Endlösung« an den israelischen Mossad verriet, damit Eichmann in Jerusalem vor Gericht gestellt werden konnte. Während seiner Amtszeit hat er zudem die Reform des Strafvollzugs vorangetrieben. Dessen Humanisierung gehörte für ihn zu einer humanen Gesellschaft.
Im restaurativen Klima der Adenauer-Ära wurde Bauer zu einer »Provokation für den Zeitgeist«. Aufsätze und Reden mit Titeln wie »Mörder unter uns« und »Am Ende waren die Gaskammern« erregten nicht nur rechtsradikale Kritik, sondern auch beim bürgerlichen Publikum Anstoß. Antisemitische und politische Anfeindungen begleiteten das Leben des jüdischen Schwaben.
Ein schwerer Schlag war für Bauer die Verabschiedung der Notstandsgesetze im Mai 1968. Bauer sah sie als eine irreparable Wende zum autoritären Staat an. Am 30. Juni 1968 wurde er tot in seiner Frankfurter Wohnung aufgefunden. Die Umstände seines Todes geben bis heute Rätsel auf.
